پس از پیروزی انقلاب و با تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، مرتضی یاغچیان از اولین افرادی بود که به عضویت سپاه تبریز درآمد و از آغاز در مسئولیت‌های مهم به انجام وظیفه پرداخت و در بدو امر مسئول تسلیحات سپاه تبریز بود. او در سرکوب گروهک‌های ضدانقلاب شرکت فعال داشت به‌طور مثال در پایان بخشیدن به غائله "حزب خلق مسلمان" تلاش بسیار کرد و در تسخیر مقر فرماندهی این حزب در میدان منجم تبریز از خود رشادت بسیار نشان داد. یکی از همرزمانش می‌گوید: بعد از پیروزی انقلاب به توصیه آیت‌الله قاضی طباطبایی خواستم به سپاه ملحق شوم. وقتی به آنجا مراجعه کردم تنها ده نفر عضو سپاه شده بودند. اکثر آن‌ها را می‌شناختم یکی از این افراد مرتضی یاغچیان بود که او را از دوره کودکی می‌شناختم. در آن زمان او مسئولیت سلاح و مهمات را بر عهده داشت. وی از مؤسسین اصلی سپاه تبریز بود.