شهید جعفر جعفری در نهم فروردین ۱۳۴۵ در خانواده ای معتقد و مذهبی در روستای کایدان از توابع شهرستان گتوند به دنيا آمد. پدرش سلطانعلی و مادرش زهرا نام داشت. پس از پايان دوران ابتدائی، به شهرستان دزفول رفت و در هنرستان فنی ادامه تحصيل داد كه اين زمان مصادف با اوج گيری انقلاب اسلامی بود.

سپس با شروع جنگ تحميلی، عاشقانه راهی ديار نور گردید. سال ۱۳۶۲ در عمليات خيبر حضور داشت و سال ۱۳۶۴ در كنكور سراسری شركت نمود و در دانشگاه شيراز در رشتۀ راه و ساختمان در مقطع کاردانی پذیرفته شد و  در همان سال در عمليات آزادسازي فاو يعنی والفجر ۸  فرمانده دسته بود.

تأكيد زيادی بر فراگيری علم و دانش داشت و خود  همزمان با جنگیدن، بسيار در اين زمينه فعال بود. نماز شبش و گريه های نيمه شبش اصلاً ترک نمی شد و اين جمله امام را بسيار تكرار می كرد: خدا نكند قبل از اينكه انسان خودش را بسازد؛ جامعه به او روی آورد.

سرانجام در چهارم اسفند ۱۳۶۵ در عمليات كربلای ۵ شركت نمود و پس از رشادت‌ها به خواسته ديرينه خود كه همان شهادت بود رسید؛ وی در منطقۀ شلمچه بر اثر اصابت ترکش به سَر جاودانه شد و به ديدار حق شتافت.
مزار مطهرش در گلزار شهدای امام زاده محمد بن زید شهرستان زادگاهش واقع است.